A antiga sesmaria de Dias Venho, fundador de Desterro, tornou-se freguesia em 1750 e foi dedicada a Nossa Senhora da Conceição, como também a capela que começou a ser construída nesta época.
O imperador D. Pedro II ao visitar a ilha em 1847, doou à igreja uma custódia de prata e os sinos, instalados em 1861.
Em 1975 foi tombada pelo patrimônio histórico, em 1986-1997 restaurada e elevada a santuário no dia 8 de dezembro de 1999.
Apesar de várias transformações a igreja da Lagoa é um dos melhores exemplos da arquitetura trazida pelos portugueses a Santa Catarina. Encravada no meio do verde do morro, de seu pátio têm-se visão panorâmica da Lagoa da Conceição.
